学院设置的组织机构主要有三系一中心：
土木工程系、水利工程系、工程力学系、工程力学实验中心。
教研室：工程结构教研室、岩土与地下工程教研室、工程管理教研室、路桥工程教研室、建筑节能教研室、水工教研室、水资源与水信息教研室、遥感与测量教研室、工程力学教研室、基础力学教研室。
实验中心：土木工程实验中心、建筑环境与节能实验中心、工程设计实验中心、水利实验中心、工程力学实验中心。
学院管理部门有党政办、教务办、学工办（就业、团委）、学科与科研（研究生管理）办、工会和各相关秘书。
部门 | 具体工作内容 | 级别 | 人员 | 办公电话 | 办公地点 |
党政管理办室 | 负责学院党政日常事务管理、对外宣传、接待、组织、人事、财务、文书档案管理等 | 主任 | 韩老师 | 0791-83969652 | 建工楼B306 |
专职组织员 | 王老师 | ||||
教学管理办室 | 负责本科生学籍管理、日常教学管理、教学过程管理、教学质量管理等 | 负责人 | 叶老师 | 0791-83969658 | 建工楼B308-1 |
学科与科研(研究生管理)办公室 | 负责学院发展与改革研究、学院发展战略规划、科研管理与服务、学科(学位点)建设、博(硕)士学位点申报、研究生党建团建和思想政治教育、研究生日常行为管理、研究生培养全过程管理、研究生招生及就业管理 | 主任 | 谌老师 | 0791-83969657 | 建工楼A321 |
副主任 | 张老师 | ||||
科研秘书 | 万老师 | ||||
学工办公室(就业、团委) | 负责本科生党建、团建和思想政治教育、日常学生管理、招生就业等 | 副主任 | 徐老师 | 0791-83969654 | 前湖北区 学生公寓3栋113、115 |
团委负责人 | 李老师 | 0791-83968145 |